Sushi is geen oorspronkelijk Japans gerecht, maar heeft zijn oorsprong in een methode voor het conserveren van zoetwatervissen die is ontwikkeld door bewoners langs de Zuidoost-Aziatische rivier Mekong. De gestripte en gereinigde vis werd in gekookte rijst geplaatst in vaten waarin hij werd gefermenteerd. De rijst, die zuur was geworden door het gistingsproces, werd weggegooid voordat de vis werd geconsumeerd. De aldus geconserveerde vis was echter tot een jaar stabiel. Beginnend bij de Mekong-rivier, werd deze conserveringsmethode ook populair in regio’s van China en verspreidde zich van daar naar Japan. In China is deze conserveringsmethode tot op heden niet voortgezet. Maar zowel Thailand als Taiwan eten nog steeds vis die op deze manier is geconserveerd.
Een Japans regeringsdocument vermeldt sushi in 718. Tot het einde van de 9e eeuw was het voornamelijk zoetwatervis in Japan dat op deze manier werd bewaard. De Japanse specialiteit Funazushi (鮒 寿司) is ontwikkeld op basis van deze conserveringsmethode. Funazushi is een traditioneel gerecht dat wordt gegeten in de prefectuur Shiga. Hiervoor worden vrouwelijke crucian-karpers gebruikt die in Lake Biwa worden gevangen. De in rijst gefermenteerde vis heeft een intense geur en smaakt kruidig en zuur. De oorsprong van de sushi heeft gemeenschappelijke wortels met Funazushi, omdat vis steeds meer in rijst werd gefermenteerd en werd geconsumeerd rond de 14e eeuw in een tijd waarin het visvlees nog relatief vers was en de rijst nog steeds eetbaar was. Tegen het einde van de Muromachi-periode (1336-1573) werd rijst in toenemende mate gekruid met rijstazijn voor deze vroege vormen van sushi. Als gevolg hiervan was een fermentatieproces dat de rijst verzuurde niet langer nodig.
De moderne vorm van sushi is ontstaan in Edo (het huidige Tokio), waar vanaf de 18e eeuw steeds meer mensen de duurdere verse zeevis konden betalen, die ook in de haven met rijst werd aangeboden. Dit werd later bekend als nigiri sushi. De ontwikkeling werd voltooid in de vroege 20e eeuw, maar Japanse chef-koks experimenteren nog steeds met nieuwe variaties.
Sushi werd populair in westerse landen tijdens de tweede helft van de 20e eeuw. De eerste sushi-restaurants in westerse landen waren vooral gericht op Japanse klanten die in het buitenland woonden. Voor zover wij weten, werd de eerste sushi-bar in 1966 geopend in het Japanse restaurant Kawafuku in Little Tokyo, Los Angeles. De opening was een idee van de in Japan geboren Amerikaanse Noritoshi Kanai, die werkte voor de Mutual Trading Company in de exportactiviteiten Japan-VS. Noritoshi Kanai wist een traditioneel opgeleide sushi-chef te overtuigen zich in Los Angeles te vestigen en daar de verantwoordelijkheid voor deze bar te nemen. De aanschaf van geschikte vis voor het bereiden van sushi was aanvankelijk een probleem, Noritoshi Kanai bracht verse producten binnen, vooral uit Tokio. In die tijd was het transport van voedsel per vliegtuig nog steeds ongebruikelijk vanwege de hoge kosten.